Поставщик изменил документ, уменьшив сумму на возврат

Здравствуйте! Пришло письмо из ИФНС о возможной ошибке по документу покупки. Сверились с контрагентом (наш поставщик). Дело было так: было поступление товара (документы в порядке) и возврат в том же месяце (на накладной нет печати контрагента, но подпись, расшифровка подписи с их стороны есть). Контрагент у себя отразил сразу документ с учетом возврата, т.е. итоговая сумма та же получается. Исправленных документов нет (т.е. вместо покупки и возврата сразу покупка на меньшую сумму). Зато есть акт сверки, в котором наша подпись и печать (там отражена исправленная накладная, т.е. поступление сразу на меньшую сумму). Дело в том, что наш руководитель проверил обороты и конечную сумму, по строкам не проверял. В итоге мы написали письмо в ИФНС, что у нас всё верно, приложили скан покупки на первоначальную сумму. Наш поставщик утверждает, что мы не правы, заставляет уточнять Декларацию по НДС, говорит, у них есть акт сверки, в котором наша подпись и печать. В итоге сумма налогов не изменится, санкций никаких не будет. Что важнее: первичные документы с отметками обеих сторон (правда на возвратной накладной нет печати, но тн и сч/ф на покупку в порядке), или акт сверки? Я считаю, что важнее первичные документы, раз не было исправленных документов, мы правы. А акт сверки проверяли только по оборотам и остатку, на его основании нельзя исправлять документы. Помогите, пожалуйста!